Αντίθετοι στη δημιουργία δύο Φορέων Διαχείρισης με τον τρόπο που προτείνει το Υπουργείο Περιβάλλοντος, είναι Δήμαρχοι της Κρήτης, θεωρώντας ότι οι περιοχές Νatura 2000 πρέπει να διέπονται από ένα διαφορετικό καθεστώς. Ο ένας Φορέας Διαχείρισης στο νησί θα είναι επιφορτισμένος με τον Νομό Χανίων και ο δεύτερος με όλη την υπόλοιπη Κρήτη.
Στον διαχωρισμό αυτόν, σύμφωνα με το ekriti.gr, έχουν εκφραστεί πολλές διαφωνίες. Δήμαρχοι σημειώνουν πως θα μπορούσαν να υπάρχουν δυο κεντρικοί φορείς και πάλι, αλλά ο ένας να είναι επιφορτισμένος με τους Νομούς του Ρεθύμνου και των Χανίων και ο άλλος με τους Νομούς του Ηρακλείου και του Λασιθίου.
Μέσα σε όλες τις αντιδράσεις, χαρακτηριστική είναι αυτή του Δημάρχου Σητείας κ. Θεοδώρου Πατεράκη, ο οποίος διαφώνησε με την πρόταση του Υπουργείου και σημείωσε πως δεν είναι δυνατόν η Σητεία, της οποίας το 1/3 είναι χαρακτηρισμένη περιοχή Natura, να συμπεριληφθεί υπό αυτό το καθεστώς σε έναν φορέα Διαχείρισης .
«Αγκάθι» για τον τρόπο διαχείρισης των περιοχών Νatura είναι αφενός η προστασία τους, αφετέρου και η αξιοποίησή τους. Εγείρονται, σύμφωνα με τους Δημάρχους που διαφωνούν πολλά ερωτηματικά, σχετικά με τις δυνατότητες που θα έχει ο νέος Φορέας Διαχείρισης (πχ η οικονομική του δυνατότητα).
Στο δημοσίευμα σημειώνεται ότι πολλές περιοχές Natura αποτελούν και πόλο έλξης για τους τουρίστες, όπως η λίμνη Κουρνά και το φοινικόδασος του Βάι, κάτι που σημαίνει πως για αυτές τις περιοχές απαιτείται μια διαφορετική προσέγγιση.
Μια ακόμη τοποθέτηση που είναι αντίθετη στο νομοσχέδιο είναι αυτή του Δημάρχου Αγίου Νικολάου.
Ο κ. Αντώνης Ζερβός θεωρεί επίσης πως πρέπει να υπάρξει ένας διαφορετικός χωρισμός, μια άλλη κατανομή, όχι τόσο συγκεντρωτική.
Μια από τις προτάσεις που έχουν ακουστεί, είναι να υπάρχει ένας Φορέας ανά Νομό και μια κεντρική περιφερειακή Διοίκηση.
Την ίδια ώρα ο Καλούστ Παραγκαμιάν, Βιολόγος και διευθυντής του Σπηλαιολογικού Ινστιτούτου Ερευνών Ελλάδας, μιλώντας στο ekriti.gr αναφέρει πως:
«Έχουν κατατεθεί διάφορες απόψεις, κάποιες από τις οποίες λένε πως η διαχείριση θα έπρεπε να είναι σε επίπεδο Περιφέρειας, δηλαδή να υπάρχει ένας κεντρικός φορέας. Άλλες απόψεις λένε πως σε κάθε περιοχή Νατούρα, θα έπρεπε να υπάρχει ένας φορέας Διαχείρισης. Και έπειτα υπήρχαν προτάσεις και για κάποια υβριδικά συστήματα, μιας και κάποιες περιοχές θα μπορούσαν να εξυπηρετηθούν από Δημόσιες Υπηρεσίες, όπως τη Δασική.
Κατά την άποψη μου, η ουσία δεν είναι στο ποιος θα είναι ο Φορέας Διαχείρισης, αλλά πώς θα γίνεται ουσιαστική διαχείριση, παρακολούθηση και προστασία των περιοχών Νατούρα. Να υπάρχει σωστή χρηματοδότηση και εφαρμογή της περιβαλλοντικής νομοθεσίας. Να υπάρξει ένας σχεδιασμός στον οποίο ένας Φορέας να έχει ουσιαστικό ρόλο και όχι μόνο γνωμοδοτικό. Δεν πρέπει να ξεχνάμε πως στόχος για τις περιοχές Natura 2000 είναι η προστασία τους και μια ορθολογική τους διαχείριση, γιατί αυτές είναι τα “διαμάντια” μας».
Το νομοσχέδιο
Σημειώνεται ότι με τον νέο νόμο προβλέπεται η κάλυψη του συνόλου των περιοχών του δικτύου Natura 2000 της χώρας (445 από τις 446 περιοχές, δηλαδή 99,78% του συνόλου των περιοχών) με ενιαίο τρόπο, με την ένταξή τους στη χωρική αρμοδιότητα ΦΔΠΠ μέσω:
(α) της επέκτασης των περιοχών ευθύνης των υφιστάμενων 28 ΦΔΠΠ, βάσει προτάσεων που κατέθεσαν οι ίδιοι οι ΦΔΠΠ μετά από συνεργασίες με το γραφείο της Γ.Γ. του ΥΠΕΝ και του γραφείου του Αν. Υπ. ΠΕΝ (από τον Ιανουάριο έως και τον Απρίλιο του 2017), και
(β) της ίδρυσης οκτώ (8) νέων ΦΔΠΠ για μεγάλες γεωγραφικές ενότητες που μέχρι σήμερα δεν καλύπτονται από τους υφιστάμενους 28 ΦΔΠΠ.
Σε ό,τι αφορά την Κρήτη, η κατάσταση διαμορφώνεται ως εξής:
Ο ΦΔ Εθνικού Δρυμού Σαμαριάς – Δυτικής Κρήτης αναλαμβάνει το σύνολο των περιοχών του Δικτύου που εμπίπτουν εξ’ ολοκλήρου ή κατά το μεγαλύτερο μέρος τους στο νομό Χανίων (23 περιοχές), μεταξύ των οποίων και η πρόσφατα ενταχθείσα στο Δίκτυο θαλάσσια περιοχή Δυτικής και Νοτιοδυτικής Κρήτης έκτασης 164.200 εκταρίων, που αποτελεί σημαντικό ενδιαίτημα, μεταξύ άλλων σημαντικών ειδών, για τους φυσητήρες της Μεσογείου.
Ο ΦΔΠΠ Κεντρικής και Ανατολικής Κρήτης αναλαμβάνει 31 σημαντικές περιοχές του Δικτύου στις Περιφερειακές Ενότητες Ρεθύμνου, Ηρακλείου και Λασιθίου με μεγάλες εκτάσεις και ποικιλομορφία οικοσυστημάτων (από θαλάσσια ως κορυφές βουνών μεγάλου υψομέτρου).