Το νησί αποτελεί ουσιαστικά μέρος του ηφαιστειακού τόξου της νότιας Ελλάδας στο οποίο οι πρώτες υποθαλάσσιες εκρήξεις έλαβαν χώρα πριν 150.000 χρόνια με την κύρια δραστηριότητα να εντοπίζεται περίπου 30.000 χρόνια πριν.
O κρατήρας Στέφανος (ο οποίος παλιότερα λεγόταν Μεγάλο Αλώνι ή Άκωλος) αποτελεί πόλο έλξης για τους τουρίστες και βρίσκεται μέσα σε μια καλδέρα 4 χιλιομέτρων στο κέντρο του νησιού. Η διάμετρος του κρατήρα είναι περίπου 300 μέτρα, έχει ελλειψοειδές σχήμα και το βάθος του φτάνει τα 27 μέτρα. Δεν είναι ωστόσο ο μοναδικός κρατήρας στο νησί ενώ λόγω της ηφαιστειακής δραστηριότητας, στο νησί υπάρχουν επίσης θερμές πηγές με θερμοκρασίες από 30 μέχρι 60 βαθμούς Κελσίου.
Η ακριβής ηλικία του κρατήρα δεν είναι σαφής, όπως συμβαίνει και με άλλους κρατήρες εξάλλου, ωστόσο λόγω του ότι βρίσκεται μέσα σε σαθρά και μαλακά πετρώματα που διαβρώνονται εύκολα από τα καιρικά φαινόμενα δεν φαίνεται να είναι παλαιότερος από 3.000 με 4.000 χρόνια. Δίπλα από τον κρατήρα Στέφανο υπάρχει επίσης ένας μικρότερος ο οποίος λέγεται μικρός Στέφανος ή Ανδρέας.
Ολόκληρη η μορφολογία του νησιού της Νισύρου έχει εξάλλου επηρεαστεί από το ίδιο το ηφαίστειο και το ηφαιστειογενές έδαφος το οποίο είναι βέβαια πολύ εύφορο και ευνοεί την πλούσια βλάστηση. Το ηφαίστειο της Νισύρου με τον γνωστό κρατήρα του Στεφάνου αποτελεί ένα από τα σημαντικότερα αξιοθέατα του νησιού το οποίο είναι γνωστό περισσότερο στους φυσιολάτρες και τους γεωλόγους που ασχολούνται με παρόμοια φαινόμενα.
Αυτό που θα γοητεύσει επίσης τον επισκέπτη αυτού του νησιού που δεν έχει συναντήσει τουριστική έκρηξη είναι οι παραδοσιακοί οικισμοί του και η γενικότερη οικιστική αισθητική. Είναι αδιαμφισβήτητα ένας προορισμός για γαλήνιες και εναλλακτικές διακοπές στα Δωδεκάνησα.