Ένα Δίκτυο Περιβαλλοντικών Οργανώσεων για την Πρέσπα, το Prespa Net, ιδρύθηκε με σκοπό να προάγει τις φυσικές αξίες της Πρέσπας προς όφελος της φύσης και του ανθρώπου μέσω της εφαρμογής κοινών διασυνοριακών δράσεων.
Στις 29 Μαρτίου 2013 υπογράφτηκε διασυνοριακό Σύμφωνο Συνεργασίας μεταξύ τριών περιβαλλοντικών οργανώσεων των τριών χωρών που μοιράζονται τις λίμνες των Πρεσπών. Τονίζοντας τη σημασία που έχει η συνεργασία της Κοινωνίας των Πολιτών για την ολοκληρωμένη διαχείριση της λεκάνης των Πρεσπών, οι εκπρόσωποι των τριών περιβαλλοντικών οργανώσεων MES, PPNEA και ΕΠΠ (Εταιρία Προστασίας Πρεσπών), συναντήθηκαν στην Πρέσπα, στο χωριό Λαιμός, και επισημοποίησαν την ίδρυση του περιβαλλοντικού δικτύου για την περιοχή, με την επωνυμία Prespa Net.Στη βάση της μακρόχρονης διασυνοριακής συνεργασίας στην Πρέσπα, η συμφωνία που υπογράφτηκε περιγράφει λεπτομερώς τους στόχους και σκοπούς του δικτύου των οργανώσεων, τους τομείς συνεργασίας, και τις ενδεχόμενες κοινές δράσεις που θα αναληφθούν στο μέλλον.
Είναι προφανές πλέον ότι η αντιμετώπιση των κρίσιμων ζητημάτων στην περιοχή απαιτεί διασυνοριακή προσέγγιση, καθώς οποιαδήποτε αποσπασματική και μονομερής προσέγγιση αποτελεί αναποτελεσματική χρήση οικονομικών και ανθρώπινων πόρων και δεν συμβάλει στην
ριζική αντιμετώπιση των προβλημάτων.
Ως εκ τούτου, το δίκτυο Prespa Net θα εργαστεί ενεργά για να συνδράμει σε συνεργατικές δράσεις, στη βελτιωμένη συνεργασία μεταξύ των φορέων που είναι υπεύθυνοι για τη διαχείριση των λιμνών, στην καλύτερη πληροφόρηση για θέματα οικολογίας και αειφορικής ανάπτυξης, αλλά και για να ζητήσει επαρκείς πολιτικές προστασίας και διαχείρισης του περιβάλλοντος στην περιοχή.Στο πλαίσιο του δικτύου αυτού, οι 3 οργανώσεις έκαναν το βήμα και δεσμεύτηκαν για την προστασία της μοναδικής φυσικής και πολιτιστικής κληρονομιάς της Πρέσπας, αλλά και για την προώθηση της αειφορικής κοινωνικο-οικονομικής ανάπτυξης. Το δίκτυο Prespa Net δεν αποτελεί μία νέα συνεργασία, καθώς οι 3 οργανώσεις έχουν συνεργαστεί αρκετές φορές στο παρελθόν για τη δημιουργία και εφαρμογή κοινών δράσεων, αλλά πρόκειται ουσιαστικά για επισημοποίηση και συστηματικοποίηση αυτής της συνεργασίας.